Tổng cục Hải quan dự kiến hoạt động theo mô hình một đơn vị tương đương cấp cục trực thuộc Bộ Tài chính, với các đơn vị hải quan phụ trách các khu vực/vùng. Cụ thể:
(1) Giảm số lượng cục hải quan: Hiện nay, có 35 cục hải quan cấp tỉnh, thành phố. Dự kiến số lượng này sẽ được sắp xếp lại thành 15 hải quan khu vực/vùng, giảm 20 đầu mối (tương đương 57,14%). Mỗi hải quan khu vực/vùng sẽ quản lý hoạt động hải quan trên địa bàn nhiều tỉnh, thành phố.
(2) Tổ chức lại các chi cục hải quan: Dưới các hải quan khu vực/vùng sẽ là các hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu, trực tiếp thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát và kiểm soát hải quan tại các cửa khẩu, khu công nghiệp, khu chế xuất. Các đơn vị này sẽ không có tổ chức cấu thành bên trong, nhầm giảm bớt các cấp trung gian và tăng tính hiệu quả trong hoạt động.
(3) Tinh giản các đầu mối cấp phòng, đội: Trong thời gian gần đây, Tổng cục Hải quan đã sắp xếp, tổ chức lại các đội/tổ thuộc chi cục hải quan và đơn vị tương đương theo thẩm quyền. Kết quả, đã tinh giản được 54 đầu mối cấp phòng, chi cục hải quan và tương đương; 236 đội/tổ thuộc chi cục hải quan, đội kiểm soát hải quan và đơn vị tương đương.
Tổng cục Thuế dự kiến kế hoạch tinh gọn bộ máy như sau:
(1) Tổ chức lại từ mô hình 4 cấp (Tổng cục, Cục Thuế, Chi cục Thuế khu vực, Đội Thuế) xuống mô hình 3 cấp gồm:
+ Tổng cục Thuế (Cấp Trung ương)
+ Cục Thuế cấp tỉnh, thành phố (Cấp tỉnh)
+ Chi cục Thuế cấp quận, huyện, khu vực (Cấp huyện)
Đội Thuế tại các xã, phường sẽ được sáp nhập vào Chi cục Thuế để giảm bớt tầng nấc quản lý.
(2) Hợp nhất Chi cục Thuế: Các Chi cục Thuế có quy mô nhỏ sẽ được hợp nhất thành Chi cục Thuế khu vực, bao phủ nhiều địa phương trong một khu vực nhằm tối ưu hóa nguồn lực.
(3) Sắp xếp lại bộ máy nhân sự: Cụ thể gồm có
+ Giảm số lượng đầu mối quản lý và tinh gọn đội ngũ cán bộ, nhân viên.
+ Hạn chế bổ nhiệm thêm cán bộ lãnh đạo để giảm bớt chi phí.
Theo chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài Chính Nguyễn Văn Thắng, Tổng cục Thuế & Tổng cục Hải Quan đang quyết liệt, khẩn trương triển khai sắp xếp tổ chức, tinh gọn bộ máy theo đúng chủ trương của Đảng, Nhà nước.